按照控制對象的不同，潔凈室可分內工業潔凈室與生物潔凈室兩大類。工業潔凈室主要應用于電子、航天、航空、機械、能源等工業中，而生物潔凈室主要應用于醫療、生物制藥、食品、化妝品等事業中。針對兩類潔凈室，潔凈室設計也有不同。

1. 凈化對象

工業潔凈室的灰塵、粒子只有一次污染，而生物潔凈室的微生物、病菌等活的粒子不斷生長繁殖，會誘發二次污染。因此，在潔凈室設計中，工藝潔凈室應著重于控制有害粒徑粒子濃度，而生物潔凈室須著重于控制微生物的產生、繁殖和傳播，同時控制其代謝物。

2. 凈化措施

在潔凈室設計中，應為工業潔凈室著重設計初中高三級過濾，而為生物潔凈室設計時，主要著重于過濾和滅菌，消除微生物生長的條件，控制微生物的孽生、繁殖和切斷微生物的傳播途徑。

3. 建筑設計

工業潔凈室主要控制對象是灰塵，因此潔凈室設計時，所用的材料不產塵、不積塵、耐摩擦。生物潔凈室的主要控制對象是細菌，因此潔凈室設計時，所有材料應耐水、耐腐、且不能提供微生物孽生繁殖條件。

4. 檢測設計

潔凈室設計時，應為工業潔凈室配備粒子計數器，用于檢測瞬時灰塵粒子，而為生物潔凈室配備培養皿，經過48小時培養，讀出菌落數量，而不能測瞬時值。

5. 人流物流設計

潔凈室設計時，須為生物潔凈室增加一道滅菌的過程，而工業潔凈室則不需要。在人、物品、空氣進入生物潔凈室之前，都要進行滅菌。而風淋室、潔凈服則是潔凈室必備的。